1980年代を通して、戦後復興のベトナムへ寄付金や物品を送る支援活動を行ってきましたが、1993年に仲間を得て東京で任意団体としてインドシナ市民協力センターを発足させ、孤児やストリートチルドレンの支援、都市部のゴミ処理などの環境問題に取り組んできました。
1995年に、国連難民高等弁務官事務所(UNHCR)の要請を受けて、ミャンマー西部のラカイン州マウンドーで、UHNCRの事業実施団体として難民帰還・再定住促進に向けた活動を現地で本格的に行うようになりました。その後、1999年には、ミャンマー中央乾燥地帯で井戸の掘削を中心とする生活用水供給事業を開始しました。
また、2001年にはベトナムのホーチミン市に駐在連絡員を派遣し、都市部の環境問題や低所得者層への働きかけを行う活動を本格化させました。
2002年、スリランカでは長期にわたった内戦の停戦合意が結ばれ、BAJはミャンマーでの経験を活かしてスリランカの復興を支援していくために、日本のNGOとして初めて反政府組織の支配地域であるキリノッチにも事務所を立ち上げ、北部各地での活動を開始しましたが、度重なるテロ活動で事業の安全性に陰りが見えた2007年夏に、残念ながら完全撤退に踏み切りました。
2008年5月には、ミャンマーを襲ったサイクロンにより甚大な被害を受けたデルタ地帯に緊急救援で入り、学校の修繕・再建を行いながら現在に至っています。

ミャンマー
事務所 |
活動内容 / 主な業務 |
| ヤンゴン事務所 | ミャンマー国内の活動現地と東京を結び、政府関係や関連団体との交渉を担う |
| マウンドー事務所 | ミャンマー国内最大の活動現場、帰還民の再定住促進活動やインフラ整備を担う |
| シトウェ連絡所 | マウンドとヤンゴンの中継連絡地点 |
| チャウパドン事務所 | ミャンマー中央乾燥地域での生活用水供給事業を担う |
| モールミャインジュン事務所 | デルタ地帯のサイクロン被災地域での学校修復・再建を担う |
| タウングー事務所 | 南東国境地帯で水供給活動を担う |
| モーラミャイン事務所 | 南東国境地帯で水供給活動を担う |
| ベイ事務所 | 南東国境地帯で水供給活動を担う |
ベトナム
事務所 |
活動内容 / 主な業務 |
| ホーチミン 連絡事務所 |
低所得者居住地域での活動や視覚障害児者支援事業を担う |
| フエ連絡事務所 | 水上生活者など低所得者居住地域の生活改善・環境教育事業を担う |
| クイニョン 連絡事務所 |
低所得者居住地域で環境改善活動を担う |
日本
事務所 |
活動内容 / 主な業務 |
| 東京本部 | 資金調達、支援者拡大・広報活動などを担い、海外事業の支援を行う |